南京市胸科医院建于1950年，是江苏省规模最大的胸部专科医院，承担着省、市胸部疾病的医疗、教学、科研任务。是"东南大学医学院教学医院"、"南京肺灌洗中心"、"南京市结核病研究所"。2003年与澳大利亚阿尔弗雷德医院建立友好医院及科研技术合作伙伴关系，2004年成功地为两例终末期慢性阻塞性肺病患者实施了单肺移植、对侧肺减容术，填补了南京地区人体肺移植技术的空白。2005年加入鼓医集团后，与鼓楼医院胸心外科联合成立了"鼓医集团心血管病中心"。2006年已申报肺癌诊治中心。医院在胸部疾病的诊断、治疗等方面，具有较高的专科水平而享誉省内外。

目前医院拥有编制床位400张，设有胸外科、呼吸内科、结核病科、心血管内科、心脏外科、麻醉科、放疗科、中西医结合科、急救中心等11个临床科室，其中胸外科为南京市重点专科；设有医学影像科、检验科、病理科、心导管室、气管镜室等10个医技科室；另有中心实验室、胸心外科研究室、胸部肿瘤研究室、肺结核病研究室等。随着医院新病房大楼的建成和使用，业务和床位将会进一步得到拓展。

医院现有医疗设备1030台（件），总价值4500多万元。主要医疗设备有：钴-60治疗机、模拟定位机、螺旋CT机、胸腔镜、纵隔镜、DSA、主动脉内球囊反博泵、数字化胸片机、结核杆菌快速培养仪、动态心电图、麻醉机、呼吸机、肺功能机、彩色多普勒诊断仪、全自动系列生化分析仪、血气分析仪、移动式X线机和ICU中央监护设备等。

医院科研工作生机勃勃，成绩斐然。共获国家、省、市、局科研成果奖近60项.在市级以上杂志发表学术论文600多篇，参加国际性学术会议10多次。

医院是南京市"花园式单位"和"花园式医院"，医院多次被南京市政府、江苏省卫生厅、南京市卫生局授予"文明单位"、"文明医院"、"先进基层党组织"等光荣称号。