南京市秦淮医院始建于1950年，是一所二级综合医院。医院现有职工240人，其中卫技人员1％人，副高职称以上17人。医院临床科室15个，医技科室7个，特色专科门诊9个，病区3个，病床152张。

产科被南京市卫生局列为重点专科，负责早孕建卡、孕期保健、正常接产以及各种难产处理和产后保健服务等。妇科开展各种疑难杂病的治疗，血液净化(透析)治疗中心始建于1989年，十多年来，治疗了众多尿毒症、肾功能衰竭病人，1998年被南京市总工会推出为“血透扶贫’’工程，目前，医院已成为南京市职工扶贫血透中心、南京市总工会慈善医疗门诊部。为特困企业职工和下岗职工中需做血液透析的病人减免25％的医疗费用。糖尿病专科是医院的重点血科，技术力量雄厚，开展胰岛功能评估、胰岛素泵强化治疗等，特别是在整体治疗的基础上应用中药外治糖尿病足溃疡，取得了很好的疗效，深受患者好评。2009年，由秦淮医院糖尿病专科组成的团队代表南京队在全国糖尿病社区管理比赛中战胜上海、北京队，一举夺得冠军。医院专科门诊还开设了心血管专科，神经、康复专科，消化专科，乳腺病、前列腺专科，疼痛专科等。